Bar Chart¶

Bar charts display categorical counts as vertical bars. Use for mutation variant classes, CNA bucket distributions, or co-occurrence category sizes.

Supported Commands¶

study query --type mutations --chart bar
study query --type cna --chart bar
study co-occurrence --chart bar
study compare --type mutations --chart bar
study survival --chart bar

Examples¶

# Mutation variant class distribution
biomcp study query --study msk_impact_2017 --gene TP53 --type mutations \
  --chart bar --terminal

# CNA distribution as SVG
biomcp study query --study brca_tcga_pan_can_atlas_2018 --gene ERBB2 --type cna \
  --chart bar -o erbb2-cna.svg

# Survival event rates per group
biomcp study survival --study brca_tcga_pan_can_atlas_2018 --gene TP53 \
  --chart bar --terminal

Terminal Output Example¶

                         TP53 Mutations (msk_impact_2017)
  3157 ┬
       │ ██████████████████████████████████████████████████
  2400 ┼ ██████████████████████████████████████████████████
       │ ██████████████████████████████████████████████████
  1600 ┼ ██████████████████████████████████████████████████
       │ ██████████████████████████████████████████████████
   800 ┼ ██████████████████████████████████████████████████
       │ ██████████  █████████  █████████  ██  █████  █
     0 ┴──────────────────────────────────────────────────
          Missense   Nonsense  Frame_Shift Splice  ...